Gereja Methodist Wilayah II terbagi 6 Distrik, 7 Badan Konferensi Tahunan dan Seksi-Seksi Kerohanian

• Distrik 1 meliputi Palembang, Jambi
• Distrik 2 Meliputi Lampung
• Distrik 3 Meliputi Jabodetabek, Bali,Sulawesi, Kalimantan dan Papua
• Distrik 4 Meliputi Jawa Tengah dan Jawa Timur
• Distrik 5 Meliputi Lubuk Linggau, Bengkulu
• Distrik 6 Meliputi Kepulauan Riau

 Pimpinan GMI Wilayah II  : Bishop Sabam L.Tobing, MA

Sekretaris Bishop               : Pdt. Johannes Samosir

 Pimpinan Distrik 1            : DS. Pdt. Sumardi

Pimpinan Distrik 2            : DS. Pdt. Johansen Silalahi

Pimpinan Distrik 3            : DS. Pdt. Samgar L.Sukasno

Pimpinan Disttik 4            : DS. Pdt. Lukas Dasiran

Pimpinan Distrik 5            : Ds. Pdt. Ompon Tambunan

Pimpinan Distrk 6             : Ds. Pdt. Denny Robert Nainggolan        

Badan – Badan Konta

Badan Penatalayanan dan Keuangan                      : Drs. Freddie Chandra

Bendahara                                                          : Fandi Daratio

Badan Evangelisasi dan Pembinaan                       : Ir. Rusdi Leman

Sekretaris Eksekutif Ev & Pemb                            : Pdt. Johannes Samosir

Badan Diakonia Sosial                                         : Hockey Salim

Badan Pendidikan                                               : Pdt. Marbangun Sinaga

Badan PHB dan Aset                                           : Milton Tobing

BPLPJ                                                               : Dr. Pdt. Richard Daulay

Badan Kepegawaian dan Pensiun Wilayah II         : Pdt. Simon Chandra

Seksi Kerohanian

P2MI                                                                                     : Berlin Siallagan

PWMI                                                                                   : Jeanny Agnes Susanto

P3MI                                                                                     : Evi Manurung