Gereja Methodist Wilayah II terbagi 6 Distrik, 7 Badan Konferensi Tahunan dan Seksi-Seksi Kerohanian
- Distrik 1 meliputi Palembang, Jambi
- Distrik 2 Meliputi Lampung
- Distrik 3 Meliputi Jabodetabek, Bali,Sulawesi, Kalimantan dan Papua
- Distrik 4 Meliputi Jawa Tengah dan Jawa Timur
- Distrik 5 Meliputi Lubuk Linggau, Bengkulu
- Distrik 6 Meliputi Kepulauan Riau
| Pimpinan GMI Wilayah II | : | Bishop Sabam L.Tobing, MA |
| Sekretaris Bishop | : | Pdt. Yohanes Eben Ezer Damanik |
| Pimpinan Distrik 1 | : | DS. Pdt. Sonny Emanuel Kornelius |
| Pimpinan Distrik 2 | : | DS. Pdt. Ojahan Tampubolon |
| Pimpinan Distrik 3 | : | DS. Pdt. Samgar L.Sukasno |
| Pimpinan Disttik 4 | : | DS. Pdt. Tukul Eriwibowo |
| Pimpinan Distrik 5 | : | Ds. Pdt. Tagor Sihombing |
| Pimpinan Distrk 6 | : | Ds. Pdt. Yanni |
| Badan – Badan Konta | ||
| Badan Penatalayanan dan Keuangan | : | Natan A Setiawan |
| Bendahara | : | Sofie Lee |
| Badan Evangelisasi dan Pembinaan | : | Pdt Suharto Agustinus |
| Sekretaris Eksekutif Ev & Pemb | : | Pdt. Johannes Samosir |
| Badan Diakonia Sosial | : | Hockey Salim |
| Badan Pendidikan | : | Pdt Sumardi |
| Badan PHB dan Aset | : | Milton Tobing |
| BPLPJ | : | Dr. Pdt. Richard Daulay |
| Badan Kepegawaian dan Pensiun Wilayah II | : | Antonius Matius |
| Seksi Kerohanian | ||
| P2MI | : | Hengky Antan |
| PWMI | : | Jeanny Agnes Susanto |
| P3MI | : | Evi Manurung |
